Nella clonazione terapeutica, le cellule vengono coltivate in vitro e poi, dopo una caratterizzazione per campionamento, trapiantate nel paziente a milioni. Una volta immesse in circolo, non si possono più recuperare: se tra loro ce ne sono di non-funzionali, o di potenzialmente dannose, creeranno problemi. Occorre chiedersi perché queste fasi esplorative non vengano affrontate con cellule meno rischiose, ad esempio quelle degli embrioni non usati nella fecondazione assistita. Dato che il loro destino è la distruzione, la risposta che indica motivi bioetici appare inaccettabile. Alcune caratteristiche della clonazione terapeutica ricordano i problemi che stanno emergendo nella terapia genica (e in generale nella transgenetica): in questa si trasferiscono geni, spesso veicolati da genomi di pericolosi retrovirus, ingenuamente ritenuti "disarmati" (ma non per questo "non riarmabili"); in quella si trapiantano cellule, in teoria rieducate a svolgere nuove funzioni. Una volta trasferiti nell'ospite, dei costrutti transgenici si perde il controllo: si integrano in posizioni e in numeri variabili del genoma dell'ospite con effetti imprevedibili.
È così che purtroppo la terapia genica ha prodotto sinora più danni che guarigioni. Situazioni simili possono verificarsi con le cellule trapiantate per fini rigenerativi. Per fruire dei vantaggi della terapia genica, e della transgenetica, occorre capire l'origine di questi incidenti e quindi prevenirli: da una parte caratterizzando molecolarmente i genomi delle cellule considerate staminali, e dall'altra controllando le modalità d'integrazione del transgene. Non è facile, ma neppure impossibile.
